土家族土司社会是以军政合一、兵农合一的形式组织起来的。旗是土家族土司社会的基层组织，也是基本军事单位。这种旗镇制度，或称旗制，在土司统治时期，也存在于鄂西土家族地区。“旗各有长，管辖户口，分隶于各州司，而统辖于总司。有事则调集为兵，以备战斗，无事则散处为民，以习耕凿。”（清·严如煜《苗疆风俗志》）此所谓“聚则为兵，散则为民”（《明宣宗实录》卷8）。在这种直接管理户口的“旗”之上，建立着一套军政合一的治理体系。
如在容美土司统治体系中，宣慰使田氏之下，“其官属旗鼓最尊，以诸田之贤者领之。国有征伐，则为大将，生杀在掌，然平时亦布衣草履，跨驴而行，绝不类官长也。”以下则为五营，“其五营中军，则以应袭长子领之，官如副将。左右前后四营，同姓之尊行领之，如参游。下则四十八旗长官，如都司。又有领纛，主客兵，以客将为之。”在“旗”以下，则有一套不甚严格的任吏办法：“旗长下各有守备、千总、百户，名虽官任，趋走如仆隶。”（清·顾彩《容美纪游》）
这里的所谓官、吏，与一般意义上的理解有很大差异，土家族土司统治的上层建筑中，等级体制虽然森严，却也存在着不少“羲皇古风”。司主们往往“短褐芒鞋乏从人，官登三品类编民”。“以诸田之贤者”为之的“旗鼓”，“亦布衣草履”，在汉族文人眼中，“绝不类官长”。旗下小吏“趋走如仆隶”，也就不足为怪了。以至于背负入山来访的汉族文人顾彩行走的，也是一名“守备”。在此种体制下，土司辖区内所有民户，均属各旗镇管辖，“民皆兵也，战则自持粮糗，无事则轮番赴司听役”（清·顾彩《容美纪游》），亦兵亦农。
