昌吉回族自治州位于天山北麓、准噶尔盆地东南缘。位于北纬43°20′～45°00′,东经85°17～′91°32′。东临哈密地区,西接石河子市,南与吐鲁番地区、巴音郭楞蒙古自治州毗邻,北与塔城、阿勒泰地区接壤,东北与蒙古国交界。从东、西、北三面环抱乌鲁木齐市。东西长541千米,南北宽285千米,总面积9.39万平方千米,占新疆总面积的5.75%。
1954年7月15日,国务院批准成立昌吉回族自治区,1955年3月11日改称昌吉回族自治州。1958年5月20日,乌鲁木齐专区撤销,将乌鲁木齐专区所属玛纳斯县、呼图壁县、阜康县、吉木萨尔县、奇台县、木垒哈萨克自治县划归昌吉回族自治州,连同原3个县,共9个县。1959年11月,乌鲁木齐县划归乌鲁木齐市管辖。昌吉回族自治州卫生局共辖木垒、奇台、吉木萨尔、阜康、米泉、昌吉、呼图壁、玛纳斯8个县。1983年7月21日,经国务院批准,昌吉县建制撤销,成立昌吉市。1992年11月3日,经国务院批准,阜康县建制撤销,成立阜康市。1996年12月30日,米泉县建制撤销,成立米泉市。
