目前生活在台湾岛上原住民的祖先，除本地部分土著外，很大部分是早在石器时期，生活在福建沿海“百越”族团的一支，迁到台湾岛上的“闽越”人。三国时期，这些人被称为“山夷”。
徐松石先生将《台湾府志》里所列台湾原住民特殊风俗习惯一百条与马来人相比较，相同的只占18%；而与大陆南方各少数民族特别是壮侗语各族相比较，相同者竟然在八成以上；史式、黄大受教授则将其归纳为16条，并作了细微的比较。从上述比较中，不难看出台湾原住民与大陆南方各族，在衣食住行、婚丧礼俗等最基本的生活习惯方面，竟然如此相同或者相似。这正是台湾原住民来源于古越人，来源于大陆南方上古的百越族群的最有说服力的根据。“百越”是台湾原住民的主要族源，这已为考古学与民族文化学所证实。
台湾语族究竟来自于南岛民族还是百越民族 ， 这将由以后更多的遗传学研究数据来解答 ， 但是目前的数据更偏向于后者。从东亚一些民族群体的Y染色体单倍型分布看来，H9分布于傣、壮、侗、黎等侗台民族和高山族中 ，并向东北延伸；H10和H12几乎只分布于侗台民族和高山族 ，可以认为是百越民族特有的。H9分布于瑶、畲等苗瑶民族中 ，可以认为是其特有类型。国内在苗瑶民族中没有百越的H9，H10，H12，而百越民族中也没有H7。所以这几种单倍型是这两个系统民族的鉴别标准。高山族中H9、H10、H12几乎占了75%，人占100%，可见其余百越民族亲缘关系之深。主成分分析表明百越系统分成两群 ，金汇、马桥人群和台湾原住民族聚成东越群体 ，西南地区的侗傣民族聚成西越群体。
唐代后，来自南太平洋中马来群岛、加罗林群岛，印度尼西亚、马来、菲律宾、日本等岛屿的其他人种和不同血统的土著民族也陆续移居台湾岛，通过在漫长岁月与当地土著和更早到达的“百越”族团等人群的融合，已逐渐成为一种新的群体。在16－17世纪以后，大量从大陆东南沿海移居台湾的汉族人，把先进的经济、文化和传统生活习俗带到台湾，使生活在城市、平原及临界平原地区的群体，受到汉文化影响而得到迅速发展。原生活在平原地区的“平埔”群体已全部汉化。而一直生活在山地的其他种群体，因受汉文化影响较少至今保留着马来群岛民族所共同以“奥图夫”为神祗的祖先遗俗。此外，在偏僻地区的排湾、泰雅、赛夏群体仍盛行“文身”、“文面”；泰雅、布农、曹群体还保留“凿齿”、“染齿”、“除毛”等与古代“百越”族团相同的古老习俗与审美观。
