据史料考证吐鲁番君王府始建于清朝乾隆年间，距今已有300年的历史。其主任额敏和卓是吐鲁番维吾尔族的领袖，也是以为杰出的爱国者追随，归顺满清政府，协助清政府击败准噶尔叛军，大小和卓叛乱维护祖国统一，功勋卓著。为此得到乾隆的褒奖赐封为“吐鲁番郡王”并世袭罔替。在他的影响下，他的8个儿子，除了长子努尔迈哈默特因病早殇生平不详外，其他7个儿子追随父亲，屡立战功，多次收到清政府的嘉奖和表彰，三儿子茂萨，四儿子鄂罗木扎布先后任伊犁阿奇木伯克。六子伊斯堪达尔任喀什噶尔阿奇木伯克。1793年任协办大臣，加恩赏戴三眼花翎，先后三次去北京朝谏，乾隆 嘉庆皇帝赐宴款待，赏赐黄缰，优礼有加，享获殊荣。额敏和卓病逝后，次子苏来满子承父业，承袭了吐鲁番君王府，成为第二位吐鲁番郡王。
君王府因其建筑年代久远，早已失修。现在的君王府是根据史料记载基本按以前的维吾尔族建筑风格、布局规模重新恢复兴建的。占地面积22亩，宫殿建筑面积二千五百平米，大门及院墙的造型别具一格，庄严、古朴具有浓郁的伊斯兰风格，院内种植的各种果树和葡萄郁郁葱葱。前后宫殿有大小房间数十间用木雕、木刻的花饰富于装饰性的楼梯、栏杆、檐口将错落有致房屋连接起来，配以拱廊、石膏花饰、天棚和庭院绿化，整座建筑极富民族风味。室内铺设地毯或毛毡，墙面有存放物品的壁柜，壁柜和壁炉以精致的石膏花饰装饰。它优美的维吾尔族建筑风格及土木结果的建筑工艺；精美细腻的雕刻、浮雕图案美伦美幻地彰显一代维吾尔族郡王豪华宫殿。并被作为三十二集电视连续剧《吐鲁番郡王》主要拍摄基地。
