纳西族系古羌人后裔，自西北河湟地区南迁，与土著融合而形成。
秦汉至魏晋，纳西族已迁徙至大渡河、雅砻江流域，以游牧、畜牧为主。
唐代，部分纳西先民沿雅砻江南下，抵达丽江。随后挥师南下，在洱海东部建立了第一个政权——越析诏。史称越析诏“地最广、兵最强，素为南诏忌”。越析诏为时不长被南诏所灭，纳西先民南下步伐由此止。越析诏的灭亡有两个原因：一是政治上唐王朝扶持南诏，以制衡吐蕃所造成的；二是经济上纳西先民当时仍处于游牧生活向农耕过渡阶段，经济形态仍不稳定，这必然导致了政治上的动乱。此后，纳西先民退回金沙江中游流域；500多年间，在唐王朝、南诏、吐蕃三大强势的夹缝间苦苦周旋，艰难生存。这种特殊的生存环境铸就了纳西族深沉坚韧、灵活机动的民族性格。同时，纳西族的文化受到这三大文化圈的润泽，以东巴文化为代表的民族文化由此滥觞。宋代，纳西先民的政治环境有了改善：北部的吐蕃王朝分崩离析；南诏也陷入了混乱；东边的宋王朝则穷于应付北方游牧民族，无力经略西南。“故自南诏以后，麽些之境，大理不能有，吐蕃不能至，宋亦弃其地，成瓯脱之疆，经三百五十年之久。”纳西族由此获得了一个难得的独立发展时机。在社会经济生产获得充分发展的同时(农耕文明已取代半耕半牧的生产状态)，政治上分散的麽些部落渐趋统一；东巴文化体系逐渐宏大完善。
13世纪初，蒙古军队跨囊渡江，平定云南，给沉寂了五百年的纳西族带来了强烈的冲击，也提供了千载难遇的历史机遇：公元1276年，元在丽江设军民总管府，统领一府七州一县。使纳西族有了一个从容不迫、独立自主的发展空间。纳西各部落也在这一时期逐渐走向了统一，从此纳西族开始了一场宏大的民族文化体系的构建，在吸收白、藏民族的文化精华时，也接受了中原汉文化的润泽。
明代是纳西族最鼎盛的时期。明初，纳西首领阿甲阿得“率众归附”，并随明军征讨边疆，屡立战功，深得明太祖朱元璋嘉许，亲赐“木”姓，允其世袭丽江府土知府，予以积极扶持。明王朝的这种扶持政策有其深刻的历史背景，当时沉寂了一百多年的西藏势力又趋强盛，时常侵扰明朝边境，由此明王朝大力扶持木氏势力，视木氏国“辑宁边境”的重要力量。木氏土司挟王朝之威，养兵蓄锐，木氏作家群也名声鹊起。“纳西族从历史上处于被动地位成为主动进取的角色，在历史进程中产生了应有的影响。
清代以后，木氏势力渐趋衰微。原因是西藏又一次纳入中央王朝辖治的版图，使丽江失去了“西北藩篱”的政治区位优势，且木氏土司把持的庄园领主经济渐已成为阻碍生产力发展的消极因素。1723年丽江实行改土归流，木氏土司此后一蹶不振，受益的是丽江经济，丽江的地主经济得到迅速发展。手工业也渐趋繁盛，丽江古城的格局最终形成。殉情现象由此大量蔓延，丽江被外人称为“殉情之都”。
鸦片战争以后，纳西族地区也进入了社会动荡时期，此间以丽江人俗称“乱世十八年”尤为惨烈。清咸丰、同治年间，大理 纳西的传承
杜文秀起义涉及丽江，进行了长达18年拉锯战，丽江损失惨重。张星源先生的《丽江史略》有载：“道光年间(1821—1850年)户口下6405户，男妇大小3128276个光绪朝户口15152、男女大小46456个，较之道光朝减户口五分之四，人丁八分之一，咸同回汉歼杀之残酷可知也。”
辛亥革命时纳西族人民积极响应，宣布脱离清政府统治，并参加了护国运动等反帝批封建运动；抗日战争中纳西族为国捐躯者达400多人，因当时大陆交通线被日军切断，后期缅甸失陷，中国的陆路交通线只余昆明——大理——丽江——拉萨——尼泊尔——印度这一条。丽江成为重要中转站，丽江的商业、文化、教育由此盛极一时。
1949年7月1日，丽江和平解放。1961年成立丽江纳西族自治县。1996年，丽江发生7级大地震，死伤3200多人，经济损失达45亿元。1997年12月丽江古城被联合国教科文组织评为“世界文化遗产”；2003年6月，“三江并流”被评为“世界自然遗产”同年9月，纳西族东巴古籍被入选“世界记忆遗产名录。”
