哈萨克医药的基本理论，是远古时期哈萨克人的祖先，在认识自然界的各种现象（如：天、地、明、暗、寒、热），及与各种自然灾害、人体疾病的斗争中，形成和发展起来的。
哈医用阿勒特吐格尔学说（六原学说）解释宇宙发生的一切，用六原（天、地、明、暗、寒、热）的相互资生，相互转化和依存，相互克制来解释物质及生命的起源、变化和转归。哈医认为六原之间的对立关系是构成人体温热、寒凉、松紧、软硬、动静、醒眠、吸收、排泄、干燥、稀湿十种物质平衡的基本原因。
哈医用六原学说解释人体生理、解剖、病理、病因、诊断、治疗、药物的属性、疾病的预防和饮食原则。六原是自然属性，也是构成宇宙的物质基础，六原的轮回、消长，促成了万物的萌发，生长和盛衰，它和人体保持着密切的相对稳定的平衡关系。这种平衡的失调，会造成人体的疾病，所以六原学说是哈医医药理论的核心，指导哈医药的一切理论和医事活动。
一、阿勒特吐格尔（六原学说）的基本内容
六原学说即哈萨克族传统的宇宙观。六原为肯斯特克（天、空间、位置）；吐热阿克（地、支柱）；加热克（光、明亮）；哈热阿恩格（夜、暗、未知物）；俄斯特克（热、温）；苏俄克（寒、凉、潮湿）。哈医理论用六原学说阐释人在宇宙中的位置和人与自然万物的关系；说明人体各个器官局部的固定位置及机能；说明人的情绪与外环境的关系；解释病因病理，及疾病部位和性质。
（一）六大原素的属性
六大原素按属性分为三对：
第一对：天、空间、位置（肯斯特克）热性
地、支柱（吐拉克）寒性
第二对：光、明、亮（加热克）热性
暗、夜（哈热阿恩格）寒性
第三对：温、热（俄斯特克）热性
寒、凉、潮湿（苏俄克）寒性
（二）六大原素是先天与后天之本
先天六大之本受于父母，生来俱有，与死同去，是人体生命活动的源泉，其生理功能维持到尽。它是整体的支柱，在生命活动中起主导作用，在增长进程中逐渐完善，并需要后天饮食和其他的补充将生命延续下去。
后天的六大之本是为了生存和把生命延续下去，是对先天之本的补充和维护，先天之本和后天之本是密切相关的，没有先天之本就无所谓后天之本，没有后天之本，先天之本也不可能生存下去。
哈医药理论中把先天之本分为六大部分：
布特木：指受精卵及组织胚胎的形成及出生后的有机整体。
阿尔哈吾：是指胚胎发育生长进程中，形成的元气及后天精微化生的水谷之气即人体的真气。
思吾：指胎儿在生长发育过程中，禀受的精、血、津液、羊水及后天饮食化生的体液总称。
黑木勒：胎儿在母体内开始的肢体和器官的功能活动及出生后整体及器官的功能活动。
吾什塔斯木：胎儿在母体内形成及出生后，外在十二器官和内在十二脏器经气、体液、吸收、活动、热能固摄之寒构成的有机整体。
阿吾加勒：胎儿在母体内形成、发育、生长过程中，母体内供胎儿的营养物质和母体所需的营养物质，经过器官的功能活动产生的精华（精、气、血）。
哈医理论中后天的六大之本就是人类能生存下去的物质基础：呼吸；语音、说话；住宅，包括故居和基地；保护身体的衣服；生产、生活中的劳动工具、武器及药物；人类繁衍后代。
（三）六太原素与器官之间的关系
哈医认为构成世界的六大原素，是人类赖以生存的基础，人属于六大原素，又从六大原素中摄取所需。
人体二十四个脏器器官和六大原素的关系：
肯斯特克（天、空间、位置） 外在的一一足、手
内在的一一心、口腔
吐热阿克（地、支柱） [FS：PAGE] 外在的一一关节、外生殖器
内在的一一脑，内生殖器
加热克（明、光、亮）外在的一一眼、皮肤
内在的一一胃（十二指肠）、肺
哈热阿恩格（夜、暗）外在的一一耳、颈部
内在的一一腺体（淋巴）、肠
俄斯特克（热） 外在的一一鼻子、舌
内在的一一肝（脾）、肾
苏俄克（塞）外在的一一腹部、毛孔
内在的一一骨、肌肉（筋脂肪）
二、吾孜叶克，科孜叶克学说（阴阳学说）
阴阳学说是哈萨克医药基础理论的重要组成部分，它以朴素的辩证唯物主义思想，认为宇宙万物都是有阴阳二重性的，都是在阴阳的作用下发生，发展和消亡。构成世界的六大原素，也有其阴阳属性。在长期的生活、生产和医疗实践中，运用阴阳学说，解释和说明人体和宇宙万物的关系，说明人体的生理功能、解剖、病理变化、病因病机、药物性味，指导临床诊断和治疗。阴阳是自然界中相互关联的某些事物和现象对立双方的概括。它既可以代表两个相互对立的事物，也可以代表同一事物内部存在的相互对立统一的两个方面。一般讲，热性的、无形的、明亮的、平坦的、干燥的、生长旺盛的等属阳性，寒凉的、晦暗的、潮湿的、衰弱死亡的等属于阴性。
阴阳学说认为：
事物的阴阳属性并不是绝对的，而是相对的，在一定的条件下，阴阳双方可以相互转化，相互依存，相互消长，处于相对的静止、不变状态。如，热并不是永恒的，在一定的条件下，可转化为寒。寒也不是永久不变的，在一定的条件下，可转化为热。植物春发夏长，秋熟冬藏是“阳消阴长”的过程。而四季由秋冬转为春夏是“阴消阳长”。但有些事物的转化，只是表面而不是本质的。如：羊肉，本性属热，煮熟后不管热吃还是凉吃，通过人体吸收，保持原性，提供人体能量。
阴阳还体现于事物的无穷的可分性、可逆性。若阴阳失去可逆性循环，则会导致人体的死亡，宇宙的消失。由此，认识到世界万物可分阴阳，万物之本的六大原素，也分阴阳，世间万物是六大原素阴阳两方面，长期相生、相克、相互转化的产物。自然界中阴阳平衡失调，相互不能制约，万物可失去本身的先天属性，而阴阳双方条件不成熟或不达极点，就不会发生变化，这种转化有其可寻的自然规律，是顺其自然发生、发展、变化的。
哈医医药理论认为，阴和阳既是相互对立的也是相互依存的，任何一方都不会脱离另一方而独立存在，即：没有热就没有寒，没有明就没有暗，没有白就没有黑等。阳依存于阴，阴依存于阳，形成互根不可分离。
哈医药理论认为自然界的万物都存在着相互对立、统一的阴阳两个方面，人体的正常生理状态，也是由温热与寒凉、干燥与稀湿、动静、醒眠、紧硬与松软、吸收与排泄的阴阳两个对立方面构成了有机整体，阴阳对立的两个方面也不是平静的共处，而是互相排斥，互相斗争，保持动态平衡，推动着事物发展、变化。
阴阳学说贯穿哈医药理论的各个方面，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生、发展规律，药物的属性，饮食的属性，并指导临床诊断和治疗。它用阴阳学说阐明人体时，认为人体是一个有机的整体，而组成它的组织结构是有机联系的，又是相互对立的阴阳二部分，如哈医认为外在十二器官（毛孔、皮肤、耳、舌、眼、鼻、手、足、腹部、关节、颈部、外生殖器）为阳，而内在的十二脏器（肺、脑、心、腺体（淋巴）、骨、肝（脾）、胃（十二指肠）、口腔、肾、肉（筋、脂肪、网络）、肠（大小肠等）、内生殖器）为阴，人[FS：PAGE]体每个脏器器官都有其阴阳属性，阳性器官也有阳中之阴，阴性脏器也有阴中之阳。
阴阳在正常及病理状态下可以直接的或是间接的影响机体，阴阳失去相对平衡，出现偏盛、偏衰，从而导致疾病的产生，如：汗液是机体的正常新陈代谢，是器官之间协调排出的废物，如果脏器间不协调，失去平衡，内在的固摄之寒和外寒偏盛，使汗液不能正常排出，可产生寒性疾病。阴阳的偏盛偏衰，是疾病发生发展的根本原因，调正阴阳的相对平衡就是治疗的基本原则。
在治疗中，据以上事物及人体组织器官的阴阳归类，药物的来源、属性也分阴阳，进行对症下药，如长于干旱地的药物为阳，长于潮湿地的药物属阴；黄花的属阳，蓝花的属阴；红花的属阳，暗花的为阴；四季长青的为阳，春长冬缩的为阴等。
三、热阿依（论气候）
哈医理论非常重视气候与人的关系，认为自然界气候条件的变化，随时随地都在影响着人，每一个季节、第一个时辰都有比较稳定的、常规的气候现象。如果气候失去平衡，太过或不足，都会导致人体内十种物质的变化失调，造成疾病。有时，四时之气虽不能直接成为致病源，但可以为其他致病源创造条件。
哈医把自然界中的气候现象分为十二种：风（卡力塔玛）、寒（苏沙克）、潮（俄孜哈尔）、湿（思孜那）、闷热（特木克）、炎热（和孜得热玛）、温暖（彻瓦克）、严寒（阿衣亚孜）、雾（布冷和尔）、阴（都了）、暗（阿衣和）、暴风雪（布尔哈克）。
并把十二种气候现象归为阴阳二大类：
阳性（闷热、晴、雾、风、炎热、温暖）
阴性（寒凉、潮湿、严寒、阴、暴风雪）
十二种气候对人体直接的影响而成为致病源，产生不同性质的自觉或他觉症状。如：严寒可使人冻伤；寒、潮、湿、雾、阴可使精神抑郁及引起各种疼痛（如刺痛、隐痛、绞痛等）；风、暴风雪可致眩晕、头晕眼花、休克等病；风、寒、暑可致中风、中寒、中暑等病。认为只有温暖，才使正常人和患者感到舒适。
哈医认为，构成人体的每个器官脏器与气候变化属性有密切关系，这种关系归类如下：
气候变化与外在器官：
风
————
毛孔
温暖
————
手
寒
————
皮肤
严寒
————
关节
潮
————
眼
暴风雪
————
舌
湿
————
鼻
雾
————
颈部
闷热
————
耳
阴
————
腹部
热
————
足
晴
————
外生殖器
气候变化与内在脏器：
风
————
脑
严寒
————
肾
寒
————
口腔
温暖
————
肺
湿
————
肌肉（筋、脂肪）
暴风雪
————
胃（十二指肠）
晴
————
骨
雾
————
肠
闷热
————
肝（脾）
阴
————
腺体（淋巴）
炎热
————
心脏
潮
————
内生殖器
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四季的变化、时辰的转化和人体新陈代谢及疾病的转归有密切的关系，这是因为四季的气候不同，四季的饮食变化，四季的生产，生活环境的变化，所以疾病和四季有非常明显的关系。因此哈医常根据季节致病的特点，预防、诊断和治疗各种疾病。比如春天冰雪消融，水位上涨，万物苏发，容易造成疾病流行和人“体抵抗力下降，人体血液也在体内泛溢，所以，春季的有些病可采用放血治疗，要慎用泻、吐之药。夏天热，容易造成吐泻之病，体液丢失过多，一旦生病，要补充液体和用止吐、止泻、清热之药，忌用热性饮食及泻、吐之药。秋天人体血液充盈、壮实，可用吐、泻之法并多吃果蔬。冬天食动物肉脂较多，血管内血液变得粘稠，可用泻下剂和稀释血液的药物及食物，改善血液循环。
以上所述的人体新陈代谢，是指饮食在人体内经脏器的生理活动而化生的精微物质及血液的循环。
哈医理论非常重视疾病的诊断。治疗和对预后的预测，认为所有的疾病，都可有四种预后，即治愈、死亡、转成慢性疾病、转成遗传性疾病。
四、吾什奴木达尔（习俗、情感与疾病的关系）
哈医理论将人为或意外的对人体器官和精神造成的创伤及习俗禁忌统称为吾什奴木达尔。
哈萨克族人民在长期生活、生产和与自然界的斗争中，逐渐的形成了独特的习俗，如对91种食物忌食，对85种饮食忌饮，对12种事情离不开，对7种事物不损害，对41种现象要不接近、不打骂、不践踏、不杀伤、爱护、保护、提防和避免。
哈医称意外的创伤为扎特巴勒吾什奴木，人为的创伤为哈合巴勒吾什奴木（哈合巴勒词的意思是遇到人为伤害时，也可用破财免灾来保护自己）。人的十二种精神状况，如果太过也可导致形体和精神性疾病，十二种精神状况也可分为阴阳二大类。
阴性（斯热依勒克）：胆怯 厌恶 惊吓 悲伤 忧思 愤怒 恐怖 懊悔 震惊
阳性（米热依勤）： 喜悦 欢乐 兴奋
外在十二器官与情感的依附关系：
胆怯——毛孔 愤怒——手
厌恶——鼻震惊——足
惊吓——外生殖器 喜悦——耳
悲伤——舌兴奋——皮肤
忧思——颈部 懊悔——腹部
恐怖——眼欢乐——关节
内在十二脏器与情感的依附关系：
胆怯——心 愤怒——骨
厌恶——脑 震惊——足
惊吓——内生殖器喜悦——肾
悲伤——肝（脾）兴奋——肺
忧思——口腔懊悔——淋巴、（腺体）
恐怖——胃（十二指肠） 欢乐——肠
五、苏勒（人体体液）
哈医理论认为人体的大部分是由体液组成的，各种体液有不同的功能，有输送饮食精微的，有帮助消化的，有起滑润作用的，有起生育作用的，有携带身体废物排出体外的，这些体液总称为苏勒，它可分为三大类：
第一类是特恩得热木苏勒：包括四个内容。
汗苏勒：主要指血液，又把血液分成有形和无形两大部分，有形部分是饮食化生的精微物质，是生命之魂。无形部分（指血浆）主要稀释有形部分，使有形部分在全身流动，保持生理功能。
吾恩哈尔苏勒：是指从口腔开始，整个消化道所分泌的液体，它是分清泌浊化生精微物质的根本。
别孜苏勒：指淋巴液，为抵抗力和免疫的源泉。
吉布特别勒苏勒：指津液，它对器官进行湿润，使关节滑利，对器官起滋养，保护等作用。
第二类是加勒哈玛苏勒：是卵子和精液总称
第三类是齐哈马勒苏勒：指汗、尿等身体排泄物。
哈医理论认为体液中血液和淋巴液的作用非常重要，整个或某种体液的变化将影响人体的生理功能。
六、胡瓦提（气）
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哈医理论认为生命的存在及生命和思维意识活动的支柱动力就是胡瓦提，先天之禀赋和后天之精化生成元气（阿尔哈吾胡瓦提）和脏器之气（胡瓦提特克胡瓦提）来推动和维持生命活动和脏腑器官的功能。
胡瓦提分为五大类。
加尼齐勒克胡瓦提：是人体先天禀赋之固有元气，它分维持人体生命的活动胡瓦提，感觉、思维之胡瓦提，固摄胡瓦提和男女性功能胡瓦提四种，以保证人类的延续。
加尔西力克胡瓦提：是后天饮食精微化生不断补充人体元气和防止致病原入侵的卫外之气，它能使人体产生抵抗力和免疫力，是人体二十四个支柱之一。它产生的免疫力有五种，即先天自身免疫力；后天终身免疫力；特殊免疫力（指几种流行病同时流行时，人体都可抵抗的免疫力）；人工接种免疫力；不持久的免疫力（指人体对某些疾病虽被感染，但不能产生持久的免疫）。
哈勒西力克胡瓦提：指人体和器官在功能活动中消耗的气。
塔尔西力克西胡瓦提：指人体潜在的力量，每个人都有潜在的连自己都不可预测的潜在力气，只有在一定的条件下（例如极度恐怖、惊吓、仇恨）才产生的惊人的特殊力量。
巴尔西力克胡瓦提：指每个脏器、器官之气。
哈医理论强调，在诊断和治疗疾病的过程中，要仔细辨别胡瓦提的盛衰、强弱、阴阳归属，辨证用药。
体质的强弱、疾病恢复的快慢都和人体的胡瓦提有关。胡瓦提强，则病邪不能入侵，侵之也不可能发病，但胡瓦提再强大，也不能抵抗剧毒药物和剧毒动物的咬伤。
人体的五种胡瓦提是推动人体脏腑、器官正常生理功能和抵御外邪入侵的原动力，所以哈医在整个治疗过程中，以增加胡瓦提和祛除病邪为主要治疗手段。
七、斯尔哈提斯别甫克叶尔（病因与致病条件）
哈医理论中把导致人体疾病的原因和致病条件统称为斯尔哈斯别甫克哈尔。它把病因及致病条件分别归类如下：
气候的变化；时辰的变化；习俗禁忌及精神刺激；星象变化；体液平衡失调；元气的盛衰；热；寒；外伤；流行病的传染；毒物致病；无毒物致病。
并认为以上12种致病原和致病条件可导致以下三大类疾病：
布俄勒玛勒斯别甫克尔：指胡尔特（虫）所致的传染的或不传染的多种疾病、精神上的疾病及除遗传和胎儿期形成的疾病以外的病种。
特吾勒玛勒斯别甫克尔：指胎儿时期形成的畸形和其他疾病。
胡布勒玛斯别甫克尔：指由父母和上一代遗传下来的疾病。
八、十二属相与年龄及生理、病理的关系
哈医理论十分重视生肖纪年与人的关系，这十二属相以鼠、牛、虎、兔、蛇、马、龙、羊、猴、狗、鸡、猪为顺序的，人出生开始起循环一周为十二年即为一本年，在母体内为一岁，所以每个人的第一个本年为13岁，余类推，为25、37、49、61、73、85、97、109岁，并认为人在本年可能会遇到不测或灾难等，故要小心避邪，度过这一危险之年。还将十二属相与人的性格、特征、命运及所得疾病等联系起来，医者在诊断治疗疾病过程中，一定要问患者年龄及属相（了解是否是本年）。
在远古时代的哈萨克人只记自己的属相，而不记出生的年月，因此，要求医者熟悉属相的推算方法，推算患者的年龄及诊断治疗疾病。
九、脏器（器官）的功能分类
哈医认为，人体是以外在的十二器官与内在的十二脏器相互衔接而组成的，并以阿恩哈克（经络）紧密的联接在一起。内外十二器官相互共济、配合，通过经络上下沟通，表里相连，保持生理的平稳状态，使人体变成一个有机的、统一的整体。把人体从上到下，从外到里，分成了解剖部位，有四百多个详细的解剖名称，概述了各自的生理功能。要求医者精通人体解剖部位、名称、生理功能，否则在疾病的诊断治疗过程中会遇到很大[FS：PAGE]的障碍，甚至误诊和贻误病情。
外在十二器官：
汗毛→特征表示器官
皮肤→保护和感觉器官
眼睛→视觉器官
鼻子→嗅觉器官
耳朵→听觉器官
双足→行走器官
双手→抓握器官
颈部→预防、保护、衔接头身的器官
舌→味觉器官
腹部→伸收弹性器官
关节→活动器官
外生殖器→性别特征和生育器官
内在十二脏器：
脑→思路、意识器官
口腔→咀嚼、吞食
肌肉（筋、肌腱）→运动
骨骼→支架、保护
肝、脾→造血、藏血功能
胃（十二指肠）→消化器官
心→推动器官
肺→呼吸器官
肾→泌尿器官
淋巴结→分泌器官
肠→消化吸收器官
内生殖器→生殖器官
内外十二脏器器官的对应关系：
腺体、淋巴→皮肤
脑→毛孔
骨→舌
肝（脾）→眼
胃→鼻
心→手
肺→足
肾→耳
口腔→关节
肌肉（筋）→颈部
内生殖器→腹部
肠→外生殖器
