蒙医用药很广泛，包括植物、动物、矿物及化学制品，但绝大部分还是取自野生植物。
据文献记载，蒙药材约有2230多种。经调查考证的蒙药材，属于植物种子、果实类的有203种；根及根茎类231种；全草类256种；枝叶类54种；花类83种；皮类35种；藤木类36种；菌藻类14种；树脂类14种；植物的其他类28种；昆虫类30种；动物类260种；矿石类98种。共计1342种。当地产蒙药材有：香青兰、沙前胡、播娘蒿、角茴香、牧马豆、腺茎独行菜、沙棘、莲座蓟、文冠木、杠柳、蒙古山萝卜花、白龙昌菜、山刺玫、金莲花、冷蒿、梅花草、花锚、扁蕾、齿叶草、手掌参、蒙古芯芭、火绒草、紫花高、乌头、唐松草等。
据调查全区可资利用的蒙古野生药材达800余种。除自产自用当地产的药材外，中蒙药、蒙藏药也大量交叉应用。如肉苁蓉通用于滋补强壮，而蒙医还多用于治疗胃病；中蒙药通用草乌，而蒙医不仅用乌头，还用草乌茸（地上四横，指嫩苗或加工的草与芽）、草乌叶、草乌花等，且用于湿热病、半身不遂、五官科疾病等；如诃子中蒙医通用，但蒙医更为广泛用于各种疾病；广枣，中医用它的树皮治疗烫伤，蒙医则用其果实治疗心脏病；肉豆蔻，中医煨用于暖脾胃，涩汤，下气，蒙医用生肉豆蔻治疗心脏病，并用其假种皮“肉豆寇衣”（药名为玉果花），治疗风、气、白脉病。
蒙藏药交叉应用更为普遍，如三棵针、山川柳、山刺梨、土木香、小叶莲、冬青、毛瓣绿绒蒿、双色龙胆、乌奴龙胆、白花龙胆、石榴、红景天、纤毛婆婆纳、橐吾、伞梗虎耳草、卷丝苦苣苔、波棱瓜子、雪莲花、船盔乌头、翼首草、囊距翠雀等。
