蒙药种类繁多，资源丰富，分布广，为蒙医所常用。其主要来源于自然界的植物、动物和矿物，且以植物药为主。
早期的蒙药品种数量少，分类均采用传统的分类方法，即：“按药物的来源、属性分类，按功效分类和按药味分类。”现今随着蒙医药理论和科学技术的发展，新药品种逐年增多，蒙药数量成倍增加，蒙药的分类方法也得以改进和更新。蒙药的近代分类采用按药用部位来分，按科属来分或按药物效用来分类。纵观历代蒙医药著作的记载。18世纪，蒙古族医药学家伊希巴拉珠尔所著的《认药白晶药鉴》一书共收录蒙药801种，按药物的来源和属性共分了13大类。伊希巴拉珠尔著的另一部《甘露点滴》分了7大类。19世纪，著名蒙医学家罗布桑苏勒和木编著的《认药学》共收录药678种，分了4大卷。著名蒙药学家占布拉道尔吉所著的《蒙药正典》共收录了879种蒙药，分了8大类。进入20世纪编著的《中国医学百科全书·蒙医分卷》共收录蒙药442种，按药物效用分了17大类。《内蒙古药材标准》共收了322种蒙药，按药用部分分了8大类。从占布拉道尔吉的《蒙药正典》亦可见，共收录的879种蒙药中，植物药约占62％，动物药约占17％，矿物药约占21％。《内蒙古蒙药材标准》已收录的322种蒙药中，植物药222种，动物药40种，矿物药42种，其他类17种，植物药占总数的69％。从以上足以看出蒙药取材广泛，是以植物药为主的。
据有关文献统计，目前蒙药的品种已多达2200余种，较为常用的药为1342种。其中属于植物种子、果实类54种，花类83种，根及根茎类231种，全草类256种，茎、叶类54种，皮类30种，其他动物类260种，矿石类98种。这些传统蒙药被沿用至今，疗效确切而可靠，久用而不衰。
