土族居民原信奉多神教，也有一些人信奉道教。元、明以后普遍崇信喇嘛教，但民间信仰仍然存在。土族地区有喇嘛教寺院40余座，着名的有佑宁寺、广惠寺等。佑宁寺出了不少名僧，如章嘉、土观、松布，颇有影响。寺院占有大量土地，互助县15所寺院占有土地69200亩。寺院是土族的文化中心。对佛教文化的发展和传播作出了重要贡献。
土族先民吐谷浑在辽东时，信奉萨满教。至今在土族人的生活中仍可以看到萨满教的遗俗。其中主要宗教活动有：祭敖包、白虎祭、选神羊等。8世纪末苯教传入土族地区，14世纪趋于没落。如今只有在互助、大通等地区的一些土族村庄中，有少量的苯教神职人员。
