畲族村寨多以血缘相近的同姓聚族同居。部分由不同姓氏的地缘组织为基础的异姓聚居。畲村有祠堂和房的组织。祠堂即宗祠，房即宗祠内子孙派系分支。
畲族的宗族结构是“总祠（公祠）——同姓宗祠（支祠）——房——家庭”。畲族群众认为“蓝、雷、钟”三姓本为一家人，因而视为同宗。福安畲村藏的清代“蓝、雷、钟”三姓宗谱中，都有“盘、蓝、雷、钟”4姓血脉相承的图表，畲家认为畲族本为同宗。福安市范坑乡洋坑《汝南蓝氏宗谱》载“顾我盘、蓝、雷、钟四姓大宗祠肇基于广东凤凰山与南京一脉相连，建祠之地即吾祖旧址也”。祠内四姓始祖“并列封牌位”。同姓畲族关系更为密切，在宗谱内对同姓著名人物有详尽的记载，同姓畲族不管血缘亲疏都以叔伯相称。畲谚云：“山哈，山哈，不是同宗就是叔伯。”至于“祠--房--家庭”的结构方式和当地汉族宗族结构基本相同。即“私祠”是以地域开基祖为首的血缘相近的同姓子孙组成的宗族组织。“房”以开基祖的各儿孙组成的宗族支派。“家庭”是组成宗祠的基本单位。随着时间推进了子孙的繁衍，人口增多后，一些村落中原有家庭演进成“房”，“房”升级为“支祠”，“支祠”演进为“祠”的宗族网络。而祠（支祠）往往以建有供人活动的公共建筑祠堂作业标志。宗族领袖由年龄辈份大、年事高、威望重的人担任。
