苗族过去信仰万物有灵，崇拜自然，祀奉祖先。“牯藏节”是苗族民间最大的祭祀活动。一般是七年一小祭，十三年一大祭。于农历十月至十一月的乙亥日进行，届时要杀一头牯子牛，跳芦笙舞，祭祀先人。食时邀亲朋共聚一堂，以求增进感情，家庭和睦。
苗族的主要信仰有自然崇拜、图腾崇拜、祖先崇拜等原始宗教形式，苗族传统社会迷信鬼神、盛行巫术。也有一些苗族信仰基督教、天主教。苗族信仰佛教、道教的极少。
传统地讲，苗族对一些巨形或奇形的自然物，往往认为是一种灵性的体现，因而对其顶礼膜拜，酒肉祭供。其中比较典型的自然崇拜物有巨石（怪石）、岩洞、大树、山林等。此外，苗族认为一些自然现象或自然物具有神性或鬼性，苗族语言往往鬼神不分，或者两词并用。多数情况下，鬼被认为是被遗弃或受委屈的灵魂和工具所变成的，常给人类带来灾难、病痛、瘟疫或其他不幸，比如所谓东方鬼、西方鬼、母猪鬼、吊死鬼、老虎鬼等，被称为恶鬼。而有灵性的自然现象常被认为是善鬼，具有一定的神性，如山神、谷魂、棉神、风神、雷神、雨神、太阳神、月亮神等。对于善鬼、恶鬼，苗族人的祭祀之法亦不同。对善鬼有送有迎，祭祀较真诚，对恶鬼则须贿赂哄骗直至驱赶使之远离。
在许多地区，苗族还认为自然界存在许多精怪。比如牛在厩内以粪便盖身或在厩内打转、将粪踩成圆圈，猪吃猪仔或躺在食槽里，鸭吃鸭蛋，老虎进田，遇到两蛇交尾，母鸡发出公鸡的鸣叫等均属出现了相应的精怪。
在一些苗族地区，人造物崇拜有土地菩萨、土地奶、家神、祭桥、水井等。土地菩萨苗语叫土地鬼，一般由几块石头垒成，土地屋多为木制或用三块石板搭成，极为简陋，设于寨旁路口处或大路边行人休息处。家神信仰存在于川黔滇方言的部分苗族中，即在家中设立“家神”偶像。祭桥流行于黔东南大部分地区。龙也是各地苗族的崇拜和祭祀对象。
图腾崇拜方面。东部地区许多苗族与瑶族共同崇拜盘瓠（一种神犬）。他们世代传说着“神母犬父”的故事，把盘瓠视为自己的始祖。中部地区一些苗族认为他们的始祖姜央起源于枫木树心，因而把枫树视为图腾。另有一些地区的苗族以水牛、竹子等为自己的图腾崇拜对象。
普遍地，祖先崇拜在苗族社会中占有十分重要的位置。他们认为祖先虽然死去，其灵魂却永远与子孙同在，逢年过节必以酒肉供奉，甚至日常饮食也要随时敬奉祖先。许多地区定期或不定期地举行祭祖盛典，在湘西有“敲棒棒猪”、“椎牛祭祖”，黔东南有“吃牯脏”，黔中地区叫“敲巴郎”，黔西北、滇东北有打老牛习俗。其中，黔东南的吃牯脏至今盛行不衰，最为典型。吃牯脏亦称祭鼓节、鼓社节、鼓藏（牯脏）节，以宗族（鼓社）为单位，每七年或十三年举行一次。他们认为祖先的灵魂寄居中在木鼓里，祭鼓就是敲击木鼓召唤祖先的灵魂来享用儿孙的供品。主祭者称为牯脏头，祭品牯脏牛是专门为此而饲养的。每届祭祀活动前后延续三年之久。
大多数苗族人虔信巫术。主要的巫术活动有过阴、占卜、神明裁判、祭鬼等，此外还有蛊术等。巫术活动由巫师主持。巫师大多是非职业化的。他们在前述各种原生性崇拜和巫术活动中起着主持者的角色，有的地方巫师还兼任寨老。巫师除了熟悉祭祀方法外，大多还能讲述本宗支的谱系、本民族重大历史事件和迁徙来源的路线，熟悉各种神话传说、古歌古词和民间故事，有的巫师还兼有歌师和舞师的职能。所以说，巫师是苗族传统文化的重要的传承人，在苗族社会中充任知识分子的角色。此外，巫师还掌握一定的医术，懂得一些草药，在为人驱鬼的同时，辅以科学的医药手段。
除了这些传统信仰之外，自近代以来，随着西方传教士深入我国内地传教，在滇黔川交界地区、贵州凯里、湖南沅陵等地区有一些苗族群众皈依了基督教，在滇东南有少数苗族信仰天主教。尤其是滇东北、黔西北一带的基督教信仰曾经势头强盛，影响极大。外国传教使团或者传教士们在苗族地区开设了许多的中小学校、医疗机构、甚至实施了一些经济发展项目，对于苗族社会的进步、政治地位的改善起到了不可抹灭的作用。著名的牧师有安顺的党居仁、柏格理、张道慧、王树德等，前二者均殉职苗区。
新中国建立之后，基督教、天主教的影响一度衰微，近年有一定的复苏的趋势。但是，现在基督教、天主教实行“三自”，与1950年以前的基督教信仰在社会组织、社会影响甚至信仰内容方面都有许多的不同。
国外的苗族，在越南、老挝有少数苗族信仰天主教。美国、法国等西方国家的苗族也有信仰基督教、天主教的。老挝、泰国的苗族也受佛教文化的影响。尽管如此，在他们的社会中，传统的祖先崇拜、灵魂观念等仍在很大程度上的保留。
