高山族还保留有原始宗教的信仰和仪式。他们崇拜精灵，各地信仰的神不一，有天神、创造宇宙之神、自然神、司理神和其他精灵妖怪。祭仪有农事祭包括开垦祭、播种祭、除草祭、收刈祭、新谷入仓祭等，主要的是粟祭、狩猎祭、渔祭、祖灵祭等。盛行巫术，其中卜占方法有鸟卜、梦卜、水占、竹占、瓢占、饭占等，并有多种形式的巫书。由于汉族移民和荷兰、西班牙殖民者的影响，高山族宗教信仰复杂。汉族带去了佛教、西方侵略者带去了基督教、天主教等。这几种宗教都在高山族群众中生根，现在，高山族宗教生活中形成原始宗教信仰、佛教和西方宗教等交错并立的局面。
